Brojne su sekcije Saveza koje obavljaju aktivnosti unutar određenih oblasti. Svaka sekcija ima predsjednika, jednog ili dva potpredsjednika i najmanje pet članova sa svih godina studija.

Svakih petnaest dana se saziva Skupština SSMFF-a, a po potrebi i češće, na kojoj predstavnici sekcija, odnosno predstavnici po godinama podnose izvještaje o svom radu, razmatraju se planovi budućih aktivnosti, studentska pitanja i problemi.

Predsjednik skupštine je Miomir Biberdžić, student treće godine Medicinskog fakulteta.

Sekcije su sledeće:

• sekcija za NIR
• sekcija za međunarodnu saradnju
• sekcija za sport