Бројне су секције Савеза које обављају активности унутар одређених области. Свака секција има предсједника, једног или два потпредсједника и најмање пет чланова са свих година студија.

Сваких петнаест дана се сазива Скупштина ССМФФ-а, а по потреби и чешће, на којој представници секција, односно представници по годинама подносе извјештаје о свом раду, разматрају се планови будућих активности, студентска питања и проблеми.

Предсједник скупштине је Миомир Биберџић, студент треће године Медицинског факултета.

Секције су следеће:

• секција за НИР
• секција за међународну сарадњу
• секција за спорт