Медицински факултет основан је 1944. године, као први факултет у БиХ, а континуитет рада је успостављен 1946. године. Факултет је све до 1993. године имао сједиште у Сарајеву.

Стварни почетак наставног рада на факултету у Фочи  је 15.10.1993.године када су примљени први студенти на школовање и отпочела прва школска година 1993/94 са шездесет (60) уписаних студената.

Упоредо са овим активностима донесен је наставни план и програм, извршен избор првих наставника и сарадника и именован је вршилац дужности декана, припремљен Статут и извршен избор првог Савјета факултета.

Од академске 1993/94 године, на основне студије уписано је 966 студената и до академске 2007/08 дипломирало је 135 студента са просјечном оцјеном 7,87. Од тога 41 студент je завршиo у року са просјечном оцјеном 8,24. Од 1993. године Медицински факултет је уписало 1052 студената, а тренутно их на сва три студијска програма студира 531 студент.

Почевши од школске 2000/01 године на постдипломске магистарске студије уписано је 104 студената. Магистарску тезу одбранило 9 магистранта, од чега 8 запослених на Универзитету или наставној бази Медицинског факултета.Докторску дисертацију одбранило 13 доктораната од чега је 6 запослено на Универзитету или наставној бази Медицинског факултета.

На специјалистичке студије, из различитих грана медицине, на Медицински факултет у Фочи су од 2002. године уписана 104 специјализанта, а специјалистички испит је положило 20 кандидата.

До данашњег дана, 28% студената Медицинског факултета има  просјечну оцјену већу од 8.0.

Стипендију Предсједника Републике добило је 22 студента Медицинског факултета.